Le Journal de Gestion et d'Economie de la Santé publie des articles scientifiques originaux en économie et gestion de la santé, quel que soit le domaine de la recherche : recherche sur les services de santé, les politiques de santé, l'évaluation économiques des technologies (biens, services et actes médicaux) ou des interventions en santé (changements organisationnels, des modes de rémunération, programmes de dépistage...), le management des organisations de santé (formes de coordination, travail d'équipe et qualité de vie professionnelle, usage de la technologie...). Le journal est composé de deux séries : une série gestion et une série économique. Les articles sont orientés par la rédaction vers l'une ou l'autre série en fonction de l'orientation disciplinaire des articles.
Outre les articles de recherche qui constituent l'essentiel des publications, le Journal publie des Bilans présentant une synthèse des développements récents dans un domaine particulier, ainsi que des articles courts, insérés dans une section Débats et défendant un point de vue personnel ou collectif sur une question relative aux politiques de santé. Ces articles peuvent être écrits en français ou en anglais. Une attention particulière est donnée à des publications et thématiques ayant une résonnance particulière pour les systèmes de santé français et des pays francophones. Le Journal souhaite s'inscrire dans les débats contemporains sur les systèmes de santé et être en prise avec les interrogations et les attentes de l'ensemble de ses acteurs.