Gilbert Merlio est professeur émérite en études germaniques (histoire des idées) de l'Université de Paris-Sorbonne/Paris IV. Il fut membre puis président du conseil scientifique de l'Institut Hannah-Arendt pour la recherche sur le totalitarisme de Dresde (2000-2009), et membre du Conseil d'administration de la Fondation Ettersberg, tous deux spécialisés dans l'étude comparative des dictatures européennes.
Il est membre du Groupe de recherche sur la culture de Weimar (MSH) et de l'IRICE.