Jacques Chapuis a effectué ses études musicales en Suisse, entre 1941 et 1950. Parmi ses maîtres principaux, il convient de citer Adrian Aeschbacher, Dinu Lipatti et Nikita Magaloff pour le piano et Edgar Willems pour la pédagogie, la psychologie et la philosophie de la musique. Après ses études, il a mené de front une carrière artistique de concertiste et une carrière professorale de pédagogue et d'éducateur.
Cette dernière lui a permis d'aborder de nombreux aspects de l'éducation musicale (depuis celle du tout jeune enfant), de l'éducation instrumentale (en particulier pour le piano), du perfectionnement musical et pédagogique des éducateurs et enseignants, de la formation professionnelle, et aussi de l'apport de la musique vivante dans l'éducation générale des personnes handicapées. Encouragé par Dinu Lipatti, il s'est grandement occupé du lancement et du développement des Jeunesses musicales en Suisse.
De 1964 à 1976, il créa et dirigea l'Ecole jurassienne et conservatoire de musique, à Delémont (Suisse). En 1968, il créa l'Association internationale d'éducation musicale Willems (devenue aujourd'hui la Fédération internationale Willems), qu'il présida et anima pendant près de 40 ans. Jacques Chapuis y mit en oeuvre des formations continues et approfondies de divers types, notamment celle aboutissant au diplôme pédagogique d'éducation musicale Willems®, formations définies par Edgar Willems qu'il structura solidement.
De même, il initia les grandes manifestations estivales, les congrès Willems, qui ont aussi régulièrement ponctué toutes ses années d'activité. Au cours de l'une d'entre elles, Jacques Chapuis a également fondé la section française de l'Association européenne des professeurs de piano (EPTA) avec le soutien et la collaboration de Dominique Merlet et Désiré N'Kaoua. De nombreux jeunes pianistes français ont eu l'occasion de s'y produire, développant d'utiles contacts européens.
Jacques Chapuis a également produit un certain de nombre de textes, de dossiers pédagogiques, diverses mises au point, des fiches de travail en pédagogie pratique, des enregistrements audio et vidéo, dont les Editions Pro Musica réalisent progressivement la parution par thème.