Edmond Baudoin est sorti de l'école à 16 ans. Vers l'âge de 30 ans, l'idée de mourir sans faire du dessin tous les jours de sa vie lui est devenue insupportable et il devient dessinateur. Son premier livre de bande dessinée a été publié en 1981, et depuis il en a fait plus de quatre-vingts, sans compter des travaux d'illustrations de textes adultes et enfants. Il a travaillé avec Le Clézio, Fred Vargas, Frank, Jacques Lob, l'Abbé Pierre, Céline Wagner, Tahar Ben Jelloun, Philippe Chartron, Carol Vanni, Mircea Carta Rescu.
Certains de ses livres ont eu des prix à Angoulême. Couma Acco meilleur Album en 1992, Le Portrait meilleur scénario en 1995. Fred Vargas a eu le prix du meilleur scénario en 2000 avec Les Quatre Fleuves. Deux documentaires ont été réalisés sur lui, Un chemin avec Baudoin de Jacques Samson et Christophe Camoirano (Girelle Production) et Edmond, un portrait de Baudoin de Laetitia Carton (Kaléo Film).