François Aubrun est né à Boulogne-Billancourt le 29 octobre 1934. En 1946, il étudie la peinture à l'Académie de la Section d'or de Paris, sous la direction du peintre Jean Souverbie. Il effectue en 1949, avec son grand-père, un premier voyage dans la région d'Aix-en-Provence. Entre 1950 et 1952, il suit les cours de sculpture de Paul-François Niclausse. En 1951, il séjourne, dessine et peint à Aix-en-Provence.
En 1953, il entre en classe préparatoire à l'Ecole nationale supérieure des beaux-arts de Paris pour y étudier la peinture. De 1954 à 1961, il suit des cours d'art monumental et de lithographie. En 1956, il se marie avec Martine Bassot qui donnera naissance à leurs six filles. Il expose pour la première fois ses peintures en 1957 à Paris. En 1960, il s'installe dans la propriété de Saint-Joseph, au Tholonet, près d'Aix-en-Provence, au pied de la montagne Sainte-Victoire.
Il y travaillera jusqu'à sa mort. Il séjourne et peint en Grèce en 1966. De 1968 à 1969, il enseigne la peinture à Luminy, à l'université de Marseille, puis, de 1970 à 1973, à l'Ecole nationale des arts décoratifs de Nice. Il est nommé directeur de l'Ecole des beaux-arts de Toulon de 1974 à 1980, puis enseignant de peinture à l'Ecole nationale supérieure des beaux-arts de Paris, jusqu'en 1992. Il voyage en Egypte en 1982.
Il séjourne dans la baie de Somme en 2001. Il expose très régulièrement en France et à l'étranger. François Aubrun décède à Paris le 5 février 2009.