Quels sont les liens entre le photographe de presse Pierre Bergé retrouvé tabassé à mort et son ami, le commissaire principal Bouchardon, ancien du SAC, la sulfureuse police parallèle du gaullisme ? Dans la rumeur des combats de rue de mai 68, c'est ce que cherchent à démêler deux policiers de terrain, Joubert et son coéquipier, l'insolent Yannakakis. Marques bleues nous propose un chassé-croisé entre les immeubles cossus du XVIe arrondissement, les barricades du Quartier latin, le Quai des Orfèvres et le port d'Oran, sur les rives de la Méditerranée.