A l'occasion d'une première visite à Tokyo, le narrateur se trouve plongé dans un monde étrange où les choses et les êtres ne sont pas toujours ce qu'ils semblent être. Est-ce un pouvoir surnaturel qui lui permet d'appréhender une autre réalité ou simplement le fruit d'une incroyable illusion ? Une série d'épreuves initiatiques l'attendent, dont il ne perçoit pas toujours le sens profond parce qu'il a l'oeil rivé sur l'instant. Comment une prostituée assassinée peut-elle surgir soudain à l'angle d'une rue ? Pourquoi les visages des êtres rencontrés lui apparaissent-ils partout ? Finira-t-il par découvrir ce qu'il est venu chercher à Tokyo et qu'il ignore encore, ou bien va-t-il se perdre au lieu de se trouver ? Les mystères de Tokyo est un récit mystérieux et troublant comme l'âme japonaise dont il pourrait être le portrait intérieur. On y oscille entre la sagesse bouddhiste et la frénésie de l'extrême modernité, au fil de péripéties qui sèment à foison des points d'interrogation.