Dans l'Espagne du Siècle d'or, bruissante de fureur guerrière et religieuse, le roi Philippe II, " plus catholique que le pape ", terrorise l'âme de son peuple : juifs, maures, protestants, nouveaux chrétiens, sont la proie de l'Inquisition. Les bûchers flambent aux quatre coins de l'Espagne. Mais une voix inconnue, ardente, s'élève, celle de Jean de la Croix qui entonne le chant de la mystique amoureuse...
Jean de la Croix, fou de Dieu raconte le destin de cet homme seul qui, tout jeune, se voue aux études, soigne les " pustuleux " et suit les Exercices d'Ignace de Loyola. Objet de la colère des puissants qui cherchent à le faire disparaître, il parcourt l'Espagne inlassablement, exorcise les possédés et écrit, du fond de son cachot de Tolède, les vers magnifiques de La nuit obscure et du Cantique spirituel. Avec la grande Thérèse d'Avila, il réforme la branche masculine du Carmel.