Tous les milles ans sur la planète Al-Méga y est choisi celui qui dirigera et protégera l'univers. On nomme cette personne "le créateur" et c'est le jeune Cosmos qui fut choisi pour ce rôle. Alors que le pouvoir du créateur semble avoir disparu, le pirate de l'espace "Vector" attaque la planète avec son armée, obligeant Cosmos et son amie d'enfance "Rouge" à s'enfuir avec un vaisseau emportant avec eux le trésor de l'univers. Après avoir survécu à l'explosion de la planète Al-Méga, Vector se met en route vers le grand arbre de vie pour réveiller un monstre puissant capable de détruire l'univers. Pour empêcher ça, Cosmos s'entraîne pour développe...