Nous sommes en 2035 : l'histoire continue avec notre héros, l'intelligence artificielle Iantron. Après la disparition tragique de Nikita, la chercheuse qui l'avait entraîné et qu'il avait aimée, une longue errance s'ensuit dans un univers numérique à travers les circuits de son ordinateur. Dans cette nouvelle ère de technologies avancées, les humains sont plongés dans une société où les frontières entre le réel et le virtuel s'estompent et où la préservation de l'humanité et de ses valeurs fondamentales devient un enjeu crucial. Le diabolique Mystérious, homme d'affaires à l'origine de leur perte, continue d'y régner en tyran mais pour combien de temps ? S'il venait à disparaître, son empire pourrait-il continuer d'exister à travers un avatar immortel qui chercherait à perpétuer son pouvoir au-delà de l'existence physique ? Les humains gagneront-ils la lutte contre l'éternité augmentée ? Entre révolution et soulèvement, la résistance s'organise ponctuée de rebondissements et tragédies