Anne Emmanuelle Berger a enseigné pendant vingt ans la littérature française à l'université de Cornell (New York, USA). En 2006, elle revient en France en tant que professeur de littérature française et d'étude de genres à l'université Paris VIII et prend la direction du Centre d'études féminines et d'études de genre de cette université. Elle est aussi directrice de l'Institut du Genre (CNRS), créé en 2012.
Essayiste, critique littéraire reconnue, Anne-Emmanuelle Berger a écrit en anglais et en français sur la poésie, les rapports entre littérature et philosophie modernes, la politique des langues et les politiques culturelles du Maghreb (entre autres). En tant que spécialiste des questions de genre et de sexualités, elle a publié de nombreux articles et des ouvrages sur ce sujet (Cornell UP, Éd. des Femmes).