Armand de Ricqlès a débuté sa carrière à la faculté des sciences de Paris (1961-1970) puis à l'université Paris VII Denis-Diderot (1970-1995) à Jussieu et enfin au Collège de France (1995-2010) où il a été titulaire de la chaire de biologie historique et évolutionnisme. Il a principalement enseigné dans les domaines de l'anatomie comparée, de la paléontologie et de l'histologie dans des perspectives évolutionnistes et a contribué à l'introduction en France de la systématique phylogénétique.
Ses recherches portent sur la paléohistologie, approche permettant d'aborder le problème de l'évolution de certaines grandes fonctions (telles que la physiologie thermométabolique) ou de certains « traits d'histoire de vie » (croissance, longévité.) dans le temps profond de la phylogenèse des vertébrés.