Neuropsychiatre de formation, Rémy Puyuelo s'oriente trés rapidement vers la pédopsychiatrie et engage une psychanalyse. Il participe à la mise en place de la sectorisation en pédopsychiatrie et crée un hôpital de jour dans le cadre du Centre de guidance infantile de Toulouse. Il devient ensuite médecin-directeur du Collectif Saint-Simon (ARSEAA) comprenant un ITEP, des CMPPS et un service de placement familial thérapeutique et ceci pendant une vingtaine d'années. Il devient membre de la Société Psychanalytique de Paris.
Il en est actuellement membre titulaire formateur. Rémy Puyuelo est membre de la Société européenne de psychanalyse de l'enfant et de l'adolescent (SEPEA). Il est rédacteur en chef de la revue EMPAN (ARSEAA et Éditions érès). Membre du comité de rédaction de la collection Cahiers de la SEPEA (éd. In Press).
Membre du jury du Prix Male (SPP) et directeur de collection Empan - les dossiers aux Éditions érès et chez In Press.