Professeur titulaire de musicologie à l'Université de Sherbrooke jusqu'à l'automne 2022, et dorénavant professeur associé à cette institution, Jean Boivin détient un Diplôme d'études approfondies de l'Université de Paris IV-Sorbonne et un doctorat en musicologie de l'Université de Montréal (1992). Son livre La classe de Messiaen (Paris, Bourgois, 1995) a été couronné de plusieurs prix (finaliste pour le prix du Gouverneur général du Canada, catégorie «?Essai?»?; Prix du meilleur essai sur la musique du Syndicat professionnel de la critique dramatique et musicale française?; Prix Bernier de l'Académie des Beaux-Arts de l'Institut de France) et traduit en japonais en 2020 (Tokyo, Artes).
Il a participé à plusieurs colloques internationaux et collaboré à divers ouvrages collectifs. Le prix de «?L'article de l'année?» lui a été décerné par le Conseil québécois de la musique à deux reprises (1999 et 2002). Il prépare une monographie sur l'histoire de la modernité musicale au Québec. La Société de musique des universités canadiennes lui a décerné en 2022 le prix d'excellence de la Fondation SOCAN/MusCan pour l'avancement de la recherche en musique canadienne.
Il a été président de la SQRM de 1998 à 2001 et rédacteur en chef des Cahiers de la Société québécoise de recherche en musique de 2013 à 2023, en plus de prendre part ponctuellement à des jurys pour cette association.